I 1650 blev byen Frederiksodde grundlagt af Frederik III, og i årene kort derefter blev den ny by gradvis udstyret  med de institutioner, som kræves af en rigtig købstad. Foranlediget af en ansøgning fra byens borgere giver et kongebrev fra 7.7. 1656 økonomisk mulighed for oprettelsen af en latinskole.

Det er imidlertid ikke sandsynligt, at projektet er blevet gennemført inden svenskernes belejring og ødelæggelse af byen 1657 - 59.

1664 startede man igen byggeriet af den ny by - oven i købet med et nyt navn: Fredericia. Skolen kommer hurtigt igang under det officielle navn "Fredericiæ Skole" ledet af rektor L.P. Alling. Skolen har frem til 1697 til huse i en lejet ejendom på hjørnet af Kongensgade og Jyllandsgade med et elevtal omkring 15 fordelt på 3 klasser. Udover rektor fandtes der normalt et par hørere, som udover lærergerningen bestred jobbet som degne i byens og omegnens kirker.

1698 fik latinskolen endelig sin egen bygning på hjørnet af Danmarksgade og Kongensgade, men trods de bedre forhold kom der ikke væsentligt flere elever til den lille skole, som kun sjældent dimitterde studenter, så egentlig fungerede den først og fremmest som en social institution, hvor børn af byens mindrebemidlede fik underhold i et antal år.

Da skolehuset efterhånden nærmest var en ruin blev der indkøbt en statelig barokbygning næsten overfor på hjørnet af Kongenstræde og Danmarksgade, som i 1808 indrettedes til latinskole, men antallet af elever var stadig sparsomt - ja faktisk kun 11, så i 1817 meddelte en kongelig resolution, at skolen fra 3.10.1817 var nedlagt.

Skolens redning var et borgerinitiativ, som fik tilladelse til at genoprette skolen som en selvejende institution under navnet " Det lærde Institut i Fredericia". I samtiden virker dette som en overordentlig kreativ konstruktion, men strengt taget skaffer det ikke stort flere elever - og endelig synes skolen at have fået sit dødsstød, da kultusminister Madvigs ny undervisningsplan strammer kravene til de matematiske fag, hvilket kræver flere lærerkræfter. Den sidste student i en årrække dimitteres 1852, og skolen forsætter et skyggeliv som reel underskole.

En vekselvirkning mellem en kraftig befolkningsvækst i byen, Danmarks generelle økonomiske og kulturelle udvikling samt ikke mindst en fremragende rektor, V.A: Bloch skabte imidlertid fra 1870 en dynamisk udvikling i skolen, hvor elevtallet mangedobles og der pludselig skabes en livskraftig overbygning på skolen, som i begyndelsen 1880erne er provinsens største latinskole - ja eller rettere Blochs navnemæssige nyskabelse: Fredericia Latin- og Realskole.

1880 bygges der en ny moderne skolebygning i den gamle bygnings baghave. Bygningen prydes af inskriptionen "Et pueris palmae" , som kan oversættes med "Også drenge kan vinde ros". De ærværdige smedejernbogstaver har siden fulgt skolen ved flytningerne og hænger nu i skolens vindfang.

En nedgang i søgningen og deraf følgende fald i skolens indtægter fører i 1903 til at skolen overtages af Fredericia kommune. Lærerne følger med, og den væsentligste ændring er navnet: Fredericia Højere Almenskole.

I slutningen af 1890erne kommer de første piger ind på skolen, og i 1903 kommer provinsens første flok kvindelige studenter. På dette tidspunkt udgør piger omkring 20% af skolens elever. Trods denne udvidelse af elevgrundlaget kan de gamle rammer holde indtil 1940,  hvor skolen følger byudviklingen ud på den anden side af voldene, hvor kommunen sammen med et moderne stadionanlæg også bygger en ny skole på 6. Julivej. Den skifter navn til Fredericia Gymnasium.

Byens voldsomme vækst og gymnasiefrekvensens stigning bevirker i 1974, at rammerne endnu en gang er blevet sprængt. Ganske vist er mellemskole- og realklasserne blevet fjernet, men et livskraftigt HF-kursus var kommet til. Vejle Amt byggede det nuværende gymnasium, som fra 1989 kaldtes Fredericia Amtsgymnasium og HF- kursus. 

Fra 1. januar 2007 har skolen status som selvejende institution under staten og skifter endnu en gang navn: Fredericia Gymnasium.