Skolens redning var et borgerinitiativ, som fik tilladelse til at genoprette skolen som en selvejende institution under navnet ” Det lærde Institut i Fredericia”. I samtiden virker dette som en overordentlig kreativ konstruktion, men strengt taget skaffer det ikke stort flere elever – og endelig synes skolen at have fået sit dødsstød, da kultusminister Madvigs ny undervisningsplan strammer kravene til de matematiske fag, hvilket kræver flere lærerkræfter. Den sidste student i en årrække dimitteres 1852, og skolen forsætter et skyggeliv som reel underskole.
En vekselvirkning mellem en kraftig befolkningsvækst i byen, Danmarks generelle økonomiske og kulturelle udvikling samt ikke mindst en fremragende rektor, V.A: Bloch skabte imidlertid fra 1870 en dynamisk udvikling i skolen, hvor elevtallet mangedobles og der pludselig skabes en livskraftig overbygning på skolen, som i begyndelsen 1880erne er provinsens største latinskole – ja eller rettere Blochs navnemæssige nyskabelse: Fredericia Latin- og Realskole.
1880 bygges der en ny moderne skolebygning i den gamle bygnings baghave. Bygningen prydes af inskriptionen “Et pueris palmae” , som kan oversættes med “Også drenge kan vinde ros”. De ærværdige smedejernbogstaver har siden fulgt skolen ved flytningerne og hænger nu i skolens vindfang.
En nedgang i søgningen og deraf følgende fald i skolens indtægter fører i 1903 til at skolen overtages af Fredericia kommune. Lærerne følger med, og den væsentligste ændring er navnet: Fredericia Højere Almenskole.
I slutningen af 1890erne kommer de første piger ind på skolen, og i 1903 kommer provinsens første flok kvindelige studenter. På dette tidspunkt udgør piger omkring 20% af skolens elever. Trods denne udvidelse af elevgrundlaget kan de gamle rammer holde indtil 1940, hvor skolen følger byudviklingen ud på den anden side af voldene, hvor kommunen sammen med et moderne stadionanlæg også bygger en ny skole på 6. Julivej. Den skifter navn til Fredericia Gymnasium.
Byens voldsomme vækst og gymnasiefrekvensens stigning bevirker i 1974, at rammerne endnu en gang er blevet sprængt. Ganske vist er mellemskole- og realklasserne blevet fjernet, men et livskraftigt HF-kursus var kommet til. Vejle Amt byggede det nuværende gymnasium, som fra 1989 kaldtes Fredericia Amtsgymnasium og HF- kursus.
Fra 1. januar 2007 har skolen status som selvejende institution under staten og skifter endnu en gang navn: Fredericia Gymnasium.
Fra 2007 går det stærkt. Tilgangen til de gymnasiale uddannelser vokser stærkt over hele landet og også i Fredericia. Fra et elevtal på godt 600 elever i 2007 til knap 1000 elever i 2012. Det igangsætter et stort renoverings- og udbygningsprogram. I perioden frem til 2016 renoveres hele bygningen og udbygges med mere end 4000 m2.
I 2016 står der en moderne og funktionel bygning klar til at modtage de kommende generationer.
Fredericia Gymnasiums 350 års historie er beskrevet i bogen ”Fredericia Gymnasium siden 1656 – Skolen til tiden”, (red. Børge Bagger), udg.af Lokal Historisk Forenings Forlag 2008.